申請認證之機構或單位，應自認證系統登入後提出認證申請；若為初次申請認證，請參考問與答[實驗室/檢驗機構初次認證申請]說明，
詳細申請作業及流程請查閱本會各認證方案之服務手冊。如欲下載服務手冊，請至本會網站「文件專區」下載查詢。

申請認證流程包含申請審查作業、文件審查、現場評鑑等主要程序，因此實際認證所花費的作業時間將視個案情況而定。平均而言，自提出申請至核發認證證書需要約6個月至12個月的時間。

申請者應於本會網站的【認證系統(新系統)會員】登錄提出初次認證申請，作業方式如下：
(1)申請虛擬帳號，虛擬帳號必須填寫機構相關基本資料。
(2)啟動虛擬帳號，啟動後，申請者應該再登入虛擬帳號後，將申請資訊表填寫完並上載相關文件後。
(3)下載申請書寄回基金會，實驗室應下載「實驗室認證申請書(初次、延展、增列)」
(TAF-CNLA-B01)、「網路服務帳號密碼申請表」(TAF-CNLA-B06)與相關附件，寄回財團法人全國認證基金會 新竹辦公室 收。
(4)使用者帳號登入，本會於收到正式紙本申請書後，正式通知實驗室本初次申請案已成案。實驗室此時會有申請編號(四碼)，申請編號即為使用者帳號，請以登入系統，同時補充相關資訊與文件。
(5)初次申請案將依據「實驗室與檢驗機構認證服務手冊」的內容，完成後續受理通知、評鑑安排..等相關作業。

實驗室、檢驗機構、能力試驗執行機構及參考物質生產機構認證請參考「認證收費標準與繳費方式」(TAF-CNLA-C02)。
驗證機構、確證與查證機構請參考「驗證機構認證收費標準」(TAF-AA-C04)。

實驗室：每年一月份收當年度年費新台幣20,000元，若實驗室有跨領域或類別，或另申請認證服務計畫，請參考「認證收費標準與繳費方式」(TAF-CNLA-C02)。
驗證機構：請參考「驗證機構認證收費標準」(TAF-AA-C04)。

本會提供認證服務之對象為國內外合法登記之軍、公、民營及學術研究機構或其所屬之單位，即本會不提供檢定人員專業能力、人員資格等服務。若欲取得人員專業能力、資格等證明文件，可利用本會網站「認證名錄」查詢獲本會認證之人員驗證機構並與其接洽，或另尋其他提供人員資格認定服務之機構。

本會提供認證服務之對象為國內外合法登記之軍、公、民營及學術研究機構或其所屬之單位，即本會不對產品/商品提供測試報告或符合性證明等服務。若欲取得產品/商品測試報告或符合性證明文件，可利用本會網站「認證名錄」查詢獲本會認證之實驗室或產品驗證機構並與其接洽，或另尋其他提供測試或產品驗證服務之機構。

下載 OECD GLP 規範及 OECD優良實驗室操作（GLP）國家符合性監控系統申請須知 (TAF-GLP-A01) ，瞭解申請流程與查核標準之相關說明。每一申請之試驗項目與技術類別有最近兩年內至少一份以上完成已歸檔之研究計畫與結果報告。
初次申請請下載填寫OECD優良實驗室操作（GLP）國家符合性監控系統申請書（TAF-GLP-B01)，並與檢附資料郵寄至本會。

本會運作須符合國際認證規範ISO/IEC 17011之規定，不得進行諮詢與申請事項有關之顧問輔導行為，因此並無辦理此類業務。

本會提供之認證服務係以國際標準組織(International Organization for Standardization，ISO)標準作為認證依據。經本會評鑑作業確認申請者的符合特定國際標準的要求，便可獲得本會認證資格。
人員能力資格是否符合特定國際標準之判定不屬於本會的業務範圍。